Закрытие и снятие с эксплуатации Игналинской АЭС привело к образованию ряда проблем как социальных, так и экологических:

     1. Часть квалифицированного персонала была уволена, кто-то  был вынужден уйти на пенсию, а  большей части, пришлось искать другую работу. Отсутствие подготовленного рынка занятости привело к тому, что квалифицированный персонал, уехал искать работу в другие страны.

      2. Другой, не менее значимой проблемой, являются работы по дезактивации и демонтажу оборудования АЭС. Следует отметить, что при работающих реакторах, все радиоактивные продукты, образующиеся в результате цепной реакции, были локализованы в замкнутых технологических контурах станции. Радиоактивные продукты, которые выводилась их технологических систем, согласно установленным процедурам (регламенту), осаждались на специальных фильтрах или поступали в систему подавления радиоактивности (камера выдержки). Только после снижения радиоактивности в этих системах, до установленных значений, газоаэрозольная смесь удалялась в атмосферу через вентиляционные трубы. Таким образом, при работающих реакторах, были задействованы все барьеры безопасности, ограничивающие  сброс радиоактивных продуктов в окружающую среду (ОС), сверх установленных норм. Радиационная ситуация в окружающей среде может измениться (ухудшиться) при проведении планируемой хозяйственной деятельности на ИАЭС в процессе снятия ее с эксплуатации.

Это связано с тем, что: